La Scuola cagliaritana risale alla seconda metà dell'Ottocento: il primo corso fu inaugurato il 13 novembre 1877 in una sala del palazzo regio, allora sede dell'Archivio. Nel corso degli anni l'attività didattica subì tuttavia varie interruzioni. La più lunga pausa, durata oltre mezzo secolo, è da mettere in relazione all'istituzione, nel 1925, all'interno della Facoltà di Lettere dell'Università degli studi di Cagliari, della cattedra di Paleografia il cui insegnamento fu affidato a Silvio Lippi, allora direttore dell'Archivio. Questa circostanza finì per rendere quasi superfluo il funzionamento della Scuola, mentre le sue strutture - nel frattempo l'Istituto si era trasferito nella nuova sede di via Gallura - venivano utilizzate per le esercitazioni collegate all'insegnamento accademico. La stessa situazione si verificò con Francesco Loddo Canepa, che subentrò al Lippi in entrambi i ruoli (1936 - 1956). Solo nel 1956, quando Loddo Canepa lasciò l'incarico universitario, la Scuola fu riaperta e da allora ha proseguito ininterrottamente la sua attività.
Con Decreto del Ministero della Cultura del 1° ottobre 2021, n. 241, recante il "Regolamento concernente le funzioni, l'organizzazione e il funzionamento delle Scuole di archivistica, paleografia e diplomatica degli Archivi di Stato, in attuazione dell'articolo 9, commi 3 e 4, del decreto legislativo 20 ottobre 1998, n. 368", le Scuole di Archivistica, Paleografia e Diplomatica hanno cessato di essere scuole di formazione post-diploma diventando corsi di formazione post-laurea.
